Το Εργαστήρι «ΠΑΝΑΓΙΑ ΕΛΕΟΥΣΑ» καινοτόμησε δημιουργώντας δύο αυτοτελή τμήματα εκπαίδευσης για τα άτομα με αυτισμό, ενταγμένα στη λειτουργία των Κέντρων Διημέρευσης και Ημερήσιας Φροντίδας του Εργαστηρίου «ΠΑΝΑΓΙΑ ΕΛΕΟΥΣΑ» στο Αγρίνιο και στο Μεσολόγγι. Δημιουργήθηκε η επιτακτική ανάγκη να λειτουργήσουν δύο ξεχωριστά τμήματα, αφού το Εργαστήρι μέχρι το 2014 εκπαίδευε ήδη 18 άτομα με αυτισμό. Σκοπός των τμημάτων είναι να εξασφαλίσουν στο άτομο με αυτισμό έναν ευχάριστο χώρο ήρεμο και συνάμα έτσι δομημένο, ώστε η εφαρμογή των εκπαιδευτικών και θεραπευτικών προγραμμάτων να σέβεται την ατομικότητά του και να βοηθήσει στο πέρασμα από το «εγώ» στο «εμείς».

Η λειτουργία τους βοήθησε στο να εξελιχθούν τα άτομα με αυτισμό, δεδομένου ότι υπάρχει ειδικός-έμπειρος εκπαιδευτής και υποστηρικτή Επιστημονική Ομάδα.  Η λειτουργία του τμήματος ανακούφισε τις οικογένειές τους με την εξειδικευμένη εκπαίδευση που δέχονται και συνέβαλε στην καλύτερη και πιο ποιοτική λειτουργία του Φορέα. Στη δημιουργία του τμήματος στο Αγρίνιο, σημαντική ήταν η οικονομική βοήθεια της Προέδρου του «Φιλανθρωπικού Σωματείου Κυριών» Νομού Αιτωλ/νίας.